Akárcsak az első gyakorláson, a Forma-1-es Japán Nagydíj második szabadedzésén is Sebastian Vettel, a Red Bull német pilótája érte el a legjobb időt. Mögötte ismét csapattársa, a világbajnoki pontversenyben vezető ausztrál Mark Webber végzett a második helyen, a lengyel Robert Kubica pedig a harmadikon. A vb-címre esélyesek közé tartozó spanyol Fernando Alonso másodjára a negyedik időt autózta pénteken.